按工藝要求維持潔凈棚與周圍空間的微小差壓，可正壓或負壓。微差壓可通過送風口，回風口或余壓閥來控制。壓差控制在凈化空調系統中是一個很重要的環節。只有通過對凈化區域的壓差進行控制，保證合理的氣流組織，才能完成凈化和工藝的要求。
　　例如潔凈棚要保持正壓使外界未經凈化的空氣不會進人凈化區域，了解潔凈級別；并且通過對各凈化區域的不同的壓差控制，實現凈化分區的作用，在GMP中就要求不同凈化級別區域的壓差應控制不小于+5Pa。在生物安全潔凈室中，壓差控制也是保障安全防護屏障的一種方法，要求使實驗室的負壓梯度有一個穩定可靠的控制。因此對于凈化空調系統來說，壓差控制是很重要的。
　　潔凈棚內壓力保持高于外部壓力，則為正壓潔凈室：反之稱為負壓潔凈室。正壓與負壓是相對而言的，一個潔凈室對大氣而言是正壓潔凈室，但對另外一個房間而言可能是負壓潔凈室。規定不同等級的潔凈室以及潔凈區與非潔凈區之間的壓差不小于5Pa，潔凈區與室外的壓差不小于 10Pa。棚內走廊與非潔凈區至少維持30Pa正壓壓差。這種壓差建立的基本原理是送風量大于回風量、排風量、滲漏風量來實現的。